Alexa Fluor系列荧光染料可见光谱的常用的染料，Alexa Fluor是荧光标记试剂的一大突破，包括一系列近紫外、可见光和近红外光谱的优良染料，在蓝光和远红光范围提供了多色检测和FRET（荧光共振能量转移）的多种选择。和R－PE 或APC 联用的Tandem 染料扩展了Alexa Fluor 在多色检测的应用。 Alexa Fluor是近年来使用的非常适合于激光共聚焦的系列荧光染料，其特色为激发峰值适合于激光器的滤光片，发射峰比较窄，有利于多种荧光标记，并且耐淬灭性强。
Alexa Fluor 荧光染料的优点：
亮度 — Alexa Fluor 偶联物相比其他染料荧光更强。
光稳定性 — Alexa Fluor 偶联物相比其他染料光稳定性更强，提供更长的图像捕获时间。
仪器兼容性 — Alexa Fluor 偶联物的吸收光谱与普通激发光源的主要输出波长相匹配。
多种颜色 — Alexa Fluor 偶联物有蓝色到红色的多种直接荧光.
pH 值不敏感 — Alexa Fluor 染料在一个广泛的pH 范围内保持强荧光.
水溶性 — Alexa Fluor 反应性染料有良好的水溶性, 无需有机试剂即可结合蛋白, 且储存不易产生沉淀.
常用的有：
Alexa 488，可用氩离子激光器488nm滤光片激光激发，发射光为绿色，与GFP、FITC、CY2的波长相近；
Alexa 546，可用543nm滤光片激发，发射光为红色，与TRITC、CY3的波长相近；
Alexa 633，可用633nm滤光片激发，与Cy5的波长相近。
